1007Z1-药物设计学
070304-物理化学
100701-药物化学

药物设计
计算生物学
分子设计学

1992-09--1995-07   中科院上海药物所   药物化学博士
1989-09--1992-07   华东师范大学化学系   物理化学硕士
1983-09--1987-07   南京大学化学系   有机化学学士

   

2014-02~2019-02,中国科学院上海药物研究所, 所长、研究员、博导
2004-12~2014-02,中国科学院上海药物研究所, 研究员，博导，副所长
2001-08~2002-02,香港科技大学, 生物化学系，访问学者
1999-07~1999-12,以色列Weizmann研究所, 访问教授
1997-09~现在, 中国科学院上海药物研究所, 研究员，课题组长，博导
1997-02~1997-07,香港科技大学, 化学系，访问学者
1995-07~1997-09,中国科学院上海药物研究所, 副研究员
1992-09~1995-07,中科院上海药物所, 药物化学博士
1989-09~1992-07,华东师范大学化学系, 物理化学硕士
1987-07~1989-09,江苏省常州化工研究所, 助理研究员
1983-09~1987-07,南京大学化学系, 有机化学学士

2016-12-21-2019-12-20,国家食品药品监督管理总局仿制药质量和疗效一致性评价专家委员会, 委员
2016-01-01-2020-12-31,中国化学会化学生物学专业委员会, 副主任
2015-12-31-2019-12-31,上海市药学会第十一届理事会药物化学专业委员会, 委员
2015-09-28-2020-09-28,沈阳药科大学, 兼职教授
2015-07-01-2019-07-01,中国医药创新促进会“第一届医药政策专业委员会”, 委员
2015-05-06-2018-05-06,中科院中亚药物研发中心, 理事会成员
2015-05-01-2018-05-01,中科院上海高研院第一届学术委员会, 委员
2015-01-01-2018-12-31,中国化学会第29届理事会, 理事
2014-08-21-2018-08-20,中国生物化学与分子生物学会第十一届理事会, 理事、常务理事
2014-05-01-2018-05-01,上海市生物工程学会第六届理事会, 理事、常务理事
2014-04-01-2018-04-01,《中国药物化学杂志》第七届编委会, 编委
2013-01-01-今,Journal of Medicinal Chemistry, 副主编
2012-07-01-2017-09-30,The Journal of Biological Chemistry, 咨询顾问
2012-01-01-2015-12-31,国家863计划生物和医药技术领域，药靶发现与药物分子设计技术, 项目首席专家
2011-01-01-2014-12-31,重大科学研究计划"蛋白质研究“”, 专家组成员
2010-08-01-2016-08-31,英国诺丁汉大学药学院, 教授
2009-05-02-今,民盟委员,
2008-01-25-今,全国政协委员,
2006-01-01-2014-12-31,ChemMedChem杂志, 国际顾问团成员
-今,
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（1） 全国抗击新冠肺炎疫情先进个人, 国家级, 2020
（2） 优秀指导教师奖, 研究所（学校）, 2018
（3） 国家1.1类新药盐酸安妥沙星, 二等奖, 国家级, 2017
（4） “肿瘤相关组蛋白修饰酶的创新药物发现与机制研究” 上海市研究生优秀成果（学位论文） 导师奖, 市地级, 2016
（5） “国家1.1类新药盐酸安妥沙星” 上海市科学技术奖，一等奖, 一等奖, 部委级, 2015
（6） 中国科学院大学—BHPB导师科研奖, 研究所（学校）, 2014
（7） 2010药明康德生命化学奖, 一等奖, 其他, 2010
（8） 全国优秀博士学位论文指导教师, , 国家级, 2010
（9） 上海市第七届自然科学牡丹奖, , 部委级, 2009
（10） 宝洁优秀导师奖, , 部委级, 2009
（11） 全国优秀博士学位论文优秀导师奖, , 国家级, 2009
（12） 2008年度中国科学院“朱李月华“优秀教师奖”, , 部委级, 2008
（13） 国家自然科学二等奖, 二等奖, 国家级, 2007
（14） 中国科学院优秀研究生导师奖, , 部委级, 2007
（15） 何梁何利基金科学与技术奖, , 其他, 2007
（16） 全国优秀博士学位论文优秀导师奖, , 国家级, 2006
（17） 第八届上海市科技精英, , 部委级, 2003
（18） 上海市科学技术进步奖, 一等奖, 部委级, 2003
（19） 上海市科学技术进步奖, 二等奖, 部委级, 2003
（20） 第五届中国青年科学奖, , 部委级, 2002
（21） 上海市科学技术进步奖, 三等奖, 部委级, 1999
（22） 上海市新长征突击手, , 省级, 1999
（23） 中国科学院自然科学, 二等奖, 部委级, 1997

（ 1 ） 新型唾液酸衍生物及其制备方法，包含该衍生物的药物组合物，以及其用途, 2010, 第 3 作者, 专利号: 201010620603.3
（ 2 ） 取代苯甲酰脲类化合物及其制备方法和用途, 2010, 第 1 作者, 专利号: PCT/CN2010/000628
（ 3 ） 喹唑啉-2(1H)吡啶硫酮类衍生物、其药物组合物、制备方法及应用, 2010, 第 5 作者, 专利号: 2010101283917
（ 4 ） 木榄环六硫醇化合物制备方法和用途, 2010, 第 3 作者, 专利号: 200510025808.6
（ 5 ） N,N’-取代哌嗪类衍生物及其制备方法、药物组合物和用途, 2010, 第 1 作者, 专利号: ZL 2006 1 0023677.2
（ 6 ） 2,4-二取代氨基-6-取代-[1,3,5]三嗪类化合物、其制备方法、药物组合物及用途, 2011, 第 1 作者, 专利号: ZL 2006 1 0170024.7
（ 7 ） 左旋氧氟沙星类似物的合成及其用途, 2000, 第 4 作者, 专利号: ZL 97 1 06728.7
（ 8 ） 一类吲哚基哌啶类化合物及其制备方法和用途, 2007, 第 3 作者, 专利号: ZL00125487.1
（ 9 ） 一类磺酰胺苯烷胺类化合物及其制备方法和用途, 2008, 第 2 作者, 专利号: ZL02116901.2
（ 10 ） 烷磺酰胺苯烷胺类化合物及其制备方法和药物用途, 2006, 第 4 作者, 专利号: ZL01132148.2
（ 11 ） SARS冠状病毒3CL蛋白酶三维结构模型与抗SARS药物, 2006, 第 2 作者, 专利号: ZL03129071.X
（ 12 ） 可溶性SARS病毒3CL蛋白酶的表达和纯化, 2005, 第 2 作者, 专利号: ZL03129147.3
（ 13 ） 组合化学集中库设计与优化方法, 2008, 第 2 作者, 专利号: ZL200410053102.6
（ 14 ） 取代1H-吲哚-2-酮类化合物及其制备方法和用途, 2008, 第 1 作者, 专利号: ZL200410067904.2
（ 15 ） 达玛烷三萜类衍生物的用途及包含该衍生物的药物组合物 , 2011, 第 3 作者, 专利号: ZL200810034668.2
（ 16 ） 环庚烷并吡啶类化合物、其制备方法、用途及包含此类化合物的药物组合物, 2011, 第 1 作者, 专利号: ZL 2007 1 0039447.X
（ 17 ） 8-苯基黄嘌呤类化合物、其制备方法、包含该化合物的药物组合物及其用途, 2010, 第 3 作者, 专利号: 201010183800.3
（ 18 ） 抗SARS-CoV药物作用靶标、药物筛选方法及抗SARS药物, 2006, 第 1 作者, 专利号: ZL03129067.1
（ 19 ） 过氧化物酶体增长因子活化受体拮抗剂和激动剂的筛选方法, 2007, 第 2 作者, 专利号: ZL200310122706.7
（ 20 ） 化合物西替欧醛的医药用途, 2010, 第 3 作者, 专利号: ZL 2005 1 0026028.3
（ 21 ） N-乙酰神经氨酸类化合物、其药物组合及其制备方法和用途, 2010, 第 5 作者, 专利号: PCT/CN2010/000115
（ 22 ） N-甲基-N-苄基-3-氯-6-甲氧基-苯并噻吩-2-甲酰胺的应用, 2009, 第 5 作者, 专利号: 200910049630.7
（ 23 ） 一种葡萄球菌抑制剂, 2011, 第 2 作者, 专利号: 200710042544.4
（ 24 ） 合成手性β-芳基-γ-氨基丁酸类化合物的新方法, 2012, 第 2 作者, 专利号: ZL200710043175.0
（ 25 ） 基于分子亲电矢量和扩展支持向量机的基因毒性概率预测方法, 2011, 第 1 作者, 专利号: ZL200610030358.4
（ 26 ） 2,4-二取代氨基-6-取代-[1,3,5]三嗪类化合物、其制备方法、药物组合物及用途, 2011, 第 1 作者, 专利号: ZL 2006 1 0170024.7
（ 27 ） 六氢二苯并[a,g]喹嗪类化合物、其制备方法及其药物组合物和应用, 2011, 第 5 作者, 专利号: 201110141822.8
（ 28 ） 取代的酰肼类化合物及其制备方法、药物组合和用, 2011, 第 5 作者, 专利号: 201110124762.9
（ 29 ） 取代-1H-吲哚类化合物、其制备方法、其应用及其药物组合物, 2011, 第 2 作者, 专利号: ZL 2006 1 0030357.X
（ 30 ） 丙酰胺类化合物及其用途, 2011, 第 1 作者, 专利号: ZL200810038066.4
（ 31 ） 酰胺衍生物及其用途, 2011, 第 1 作者, 专利号: ZL200810036510.9
（ 32 ）   取代苯并氮杂环类衍生物的制备及其药理用途, 2012, 第 5 作者, 专利号: ZL201010244757.7
（ 33 ） 一种葡萄球菌色氨酰-tRNA合成酶抑制剂, 2011, 第 2 作者, 专利号: 200710042543.X
（ 34 ） 4-取代苯氨基3-硝基喹啉类化 合物及其制备方法和用途, 2011, 第 3 作者, 专利号: ZL 200510024351.7
（ 35 ） 环庚烷并吡啶类化合物、其制备方法、用途及包含此类化合物的药物组合物, 2011, 第 1 作者, 专利号: ZL 2007 1 0039447.X
（ 36 ） 新型胺基吡啶类衍生物、其制备方法、生物活性及药物组合物, 2011, 第 5 作者, 专利号: 201110079133.9
（ 37 ） 吡唑类5-脂氧酶小分子抑制剂及其制备方法、药物组合物和应用, 2012, 第 2 作者, 专利号: ZL200810035186.9
（ 38 ） 基于分层原子加和模型的分子酸碱解离常数的预测方法, 2012, 第 1 作者, 专利号: ZL200710047343.3
（ 39 ） 取代苯甲酰脲类化合物及其制备方法和用途, 2012, 第 1 作者, 专利号: ZL200910050646.X
（ 40 ） 大花鸡肉参酯甲(+)2-(1-羟基-4氧代环己基)咖啡酸乙酯化合物及其在制备白三烯A4水解酶功能调节药物中的应用, 2012, 第 2 作者, 专利号: ZL200910047188.4
（ 41 ） 2-丙烯酰X基-3-取代苯基丙酸类化合物及其用途, 2013, 第 3 作者, 专利号: ZL201010229355.X
（ 42 ） 8-苯基黄嘌呤类化合物、其制备方法、包含该化合物的药物组合物及其用途, 2014, 第 3 作者, 专利号: ZL 201010183800.3
（ 43 ） 一类嘧啶取代苯丙酸衍生物及其作为PPAR激动剂的用途, 2013, 第 3 作者, 专利号: ZL200780101081.2
（ 44 ） 一类氟取代的环状胺类化合物及其制备方法、药物组合物和用途, 2016, 第 5 作者, 专利号: ZL201210418613.8
（ 45 ） 一类氟取代的环状胺类化合物及其制备方法、药物组合物和用途, 2017, 第 5 作者, 专利号: US9,637,454B2
（ 46 ） 2,4-二氟-5-(酞嗪酮-1-甲基)-苯甲酰哌嗪类化合物及其用途, 2017, 第 4 作者, 专利号: ZL2014102683582
（ 47 ） 文朵灵衍生物的医药用途, 2016, 第 3 作者, 专利号: ZL201210069056.3
（ 48 ） 盐酸萘替芬的衍生物、制备方法及用途, 2016, 第 5 作者, 专利号: ZL2014101906723
（ 49 ） 五元杂环类化合物及其制备方法、药物组合物和用途, 2017, 第 4 作者, 专利号: PCT/CN2017/081293
（ 50 ） 一种1-(3-氨基丙基)取代环状胺类化合物、其制备方法、药物组合物及用途, 2017, 第 5 作者, 专利号: 17100711.9
（ 51 ） 一类含氟三氮唑并吡啶类化合物及其制备方法、药物组合物和用途, 2017, 第 5 作者, 专利号: PCT/CN2017/084750
（ 52 ） 五元杂环并[3,4-d]哒嗪酮类化合物、其制备方法、药物组合物及其应用, 2017, 第 1 作者, 专利号: 2017100602438
（ 53 ） 五元杂环并[3,4-d]哒嗪酮类化合物、其制备方法、药物组合物及其应用, 2017, 第 1 作者, 专利号: PCT/CN2017/085765
（ 54 ） N-(5-吗啉代噻唑-2-基)甲酰胺类化合物及其用途, 2017, 第 3 作者, 专利号: PCT/CN2017/073472
（ 55 ） 氨基亚甲基环己烷 1,3-二酮化合物的用途（适应症专利）, 2017, 第 5 作者, 专利号: 2017103649099
（ 56 ） 5-芳香炔基取代的苯甲酰胺类化合物及其制备方法、药物 组合物和用途, 2016, 第 5 作者, 专利号: PCT/CN2016/079496
（ 57 ） 预防和治疗抑郁症的化合物及其应用, 2016, 第 4 作者, 专利号: 2016107908492
（ 58 ） 一类杂环化合物、其制备方法和用途, 2015, 第 1 作者, 专利号: PCT/CN2015/073854
（ 59 ） 3,4,5-三取代吡唑类化合物、制备方法、药物组合物及用途, 2015, 第 3 作者, 专利号: 2015102399186
（ 60 ） 一类氟取代的环状胺类化合物及其制备方法、药物组合物和用途(加拿大), 2018, 第 5 作者, 专利号: CA2888024
（ 61 ） 一种1-(3-氨基丙基)取代环状胺类化合物、其制备方法、药物组合物及用途(欧洲), 2018, 第 5 作者, 专利号: EP3091013
（ 62 ） 一类杂环化合物、其制备方法和用途(日本), 2018, 第 1 作者, 专利号: JP6395850B2
（ 63 ） 一类杂环化合物、其制备方法和用途(韩国), 2018, 第 1 作者, 专利号: 10-1840249
（ 64 ） 一类杂环化合物、其制备方法和用途(澳大利亚), 2018, 第 1 作者, 专利号: AU 2015226578
（ 65 ） 一类嘧啶类化合物及其作为TRPV2抑制剂的用途, 2018, 第 3 作者, 专利号: 2018105872692
（ 66 ） 组蛋白乙酰转移酶（HAT）抑制剂及其用途, 2018, 第 3 作者, 专利号: 2018110127242
（ 67 ） 含有根皮苷和1-脱氧野尻霉素的组合物及其应用, 2018, 第 1 作者, 专利号: 201810358090X
（ 68 ） 一种菝葜皂苷元衍生物及其应用, 2018, 第 3 作者, 专利号: 2018106633580
（ 69 ） 一类吲哚酮类化合物、其制备方法、药物组合物和用途, 2018, 第 2 作者, 专利号: 2018109170186
（ 70 ） 作为防治精神障碍疾病的苯胺类化合物, 2018, 第 4 作者, 专利号: 2018110380931
（ 71 ） 一种1-(3-氨基丙基)取代环状胺类化合物、其制备方法、药物组合物及用途, 2019, 第 5 作者, 专利号: US10,167,299B2
（ 72 ） 一类杂环化合物、其制备方法和用途, 2019, 第 1 作者, 专利号: US10174011B2
（ 73 ） DNA编码库解码软件V1.0, 2019, 第 4 作者, 专利号: 2019SR0277660

   

（1） Structure-based drug optimization and biological evaluation of tetrahydroquinolin derivatives as selective and potent cbp bromodomain inhibitors., Bioorg Med Chem Lett, 2020, 第 9 作者
（2） Transformercpi: Improving compound-protein interaction prediction by sequence-based deep learning with self-attention mechanism and label reversal experiments., Bioinformatics., 2020, 通讯作者
（3） Design, synthesis, and biological evaluation of tetrahydroquinolin derivatives as potent inhibitors of cbp bromodomain., Bioorg Chem, 2020, 第 6 作者
（4） Structure-based design of antiviral drug candidates targeting the sars-cov-2 main protease., Science, 2020, 其他（合作组作者）
（5） Discovery of novel usp8 inhibitors via ubiquitin-rho-110 fluorometric assay based high throughput screening., Bioorg Chem, 2020, 其他（合作组作者）
（6） Solution-phase DNA-compatible pictet-spengler reaction aided by machine learning building block filtering, iScience, 2020, 其他（合作组作者）
（7） Deep learning enhancing kinome-wide polypharmacology profiling: Model construction and experiment validation., J Med Chem, 2020, 通讯作者
（8） Anti-sars-cov-2 activities in vitro of shuanghuanglian preparations and bioactive ingredients., Acta Pharmacol Sin, 2020, 其他（合作组作者）
（9） Automated design and optimization of multitarget schizophrenia drug candidates by deep learning., Eur J Med Chem, 2020, 通讯作者
（10） Pushing the boundaries of molecular representation for drug discovery with the graph attention mechanism., J Med Chem, 2020, 通讯作者
（11） Molecular dynamics simulation revealed the intrinsic conformational change of cellular inhibitor of apoptosis protein-1., J Biomol Struct Dyn, 2020, 第 6 作者
（12） Potential treatment of covid-19 by inhibitors of human dihydroorotate dehydrogenase., Protein Cell, 2020, 通讯作者
（13） Drugspacex: A large screenable and synthetically tractable database extending drug space., Nucleic Acids Res, 2020, 通讯作者
（14） Structural basis for inhibition of the rna-dependent rna polymerase from sars-cov-2 by remdesivir., Science, 2020, 其他（合作组作者）
（15） Structural basis for activation of the growth hormone-releasing hormone receptor., Nat Commun, 2020, 其他（合作组作者）
（16） Optimizing chemical reaction conditions using deep learning: A case study for the suzuki-miyaura cross-coupling reaction., Org Chem Front, 2020, 通讯作者
（17） 人工智能算法在药物细胞敏感性预测中的应用, 中国科学, 2020, 通讯作者
（18） KinomeX: a web application for predicting kinome-wide polypharmacology effect of small molecules., Bioinformatics, 2019, 通讯作者
（19） Pushing the Boundaries of Molecular Representation for Drug Discovery with the Graph Attention Mechanism, J. Med. Chem., 2019, 通讯作者
（20） Deep Learning Enhancing Kinome-Wide Polypharmacology Profiling: Model Construction and Experiment Validation., J. Med. Chem., 2019, 通讯作者
（21） Dynamic modifications of biomacromolecules: mechanism and chemical interventions, SCIENCE CHINA Life Sciences., 2019, 通讯作者
（22） Improving the Virtual Screening Ability of Target-Specific Scoring Functions Using Deep Learning Methods, Frontiers in Pharmacology., 2019, 其他（合作组作者）
（23） Discovery, structural insight, and bioactivities of BY27 as a selective inhibitor of the second bromodomains of BET proteins., European Journal of Medicinal Chemistry, 2019, 其他（合作组作者）
（24） Nature brings new avenues to the therapy of central nervous system diseases—an overview of possible treatments derived from natural products., SCIENCE CHINA Life Sciences, 2019, 通讯作者
（25） Discovery and Development of a Series of Pyrazolo[3,4 d]pyridazinone Compounds as the Novel Covalent Fibroblast Growth Factor Receptor Inhibitors by the Rational Drug Design, J. Med. Chem., 2019, 其他（合作组作者）
（26） The dynamic conformational landscape of the protein methyltransferase SETD8., eLife, 2019, 其他（合作组作者）
（27） SNX10 (sorting nexin 10) inhibits colorectal cancer initiation and progression by controlling autophagic degradation of SRC, AUTOPHAGY, 2019, 其他（合作组作者）
（28） Pharmacokinetics-Driven Optimization of 4(3H)-Pyrimidinones as Phosphodiesterase Type 5 Inhibitors Leading to TPN171, a Clinical Candidate for the Treatment of Pulmonary Arterial Hypertension., J. Med. Chem, 2019, 通讯作者
（29） Correction to Discovery of a Natural-Product-Derived Preclinical Candidate for Once-Weekly Treatment of Type 2 Diabetes, J. Med. Chem., 2019, 其他（合作组作者）
（30） Small-Molecule Targeting of Oncogenic FTO Demethylasein Acute Myeloid Leukemia., Cancer Cell, 2019, 其他（合作组作者）
（31） Molecular dynamics simulation revealed the intrinsic conformational change of cellular inhibitor of apoptosis protein-1, J Biomol Struct Dyn, 2019, 其他（合作组作者）
（32） High-resolution mapping of brain vasculature and its impairment in the hippocampus of Alzheimer’s disease mice, National Science Review, 2019, 通讯作者
（33） The inhibitory mechanism of aurintricarboxylic acid targeting serine/threonine phosphatase Stp1 in Staphylococcus aureus: insights from molecular dynamics simulations, Acta Pharmacologica Sinica, 2019, 其他（合作组作者）
（34） Synthesis and biological evaluation of a series of novel pyridinecarboxamides as potential multi-receptor antipsychotic drugs, Bioorg Med Chem Lett., 2018, 其他（合作组作者）
（35） Biochemical Studies and Molecular Dynamic Simulations Reveal the Molecular Basis of Conformational Changes in DNA Methyltransferase-1., ACS Chem. Biol., 2018, 其他（合作组作者）
（36） Synthesis and biological evaluation of a series of multi-target N-substituted cyclic imide derivatives with potential antipsychotic effect., Eur J Med Chem., 2018, 其他（合作组作者）
（37） The Mechanism by Which Luteolin Disrupts the Cytoplasmic Membrane of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus., J. Phys. Chem. B., 2018, 通讯作者
（38） Structure of the glucagon receptor in complex with a glucagon analogue, Nature, 2018, 其他（合作组作者）
（39） Artificial intelligence in drug design., Sci China Life Sci., 2018, 通讯作者
（40） Dynamic States of the Ligand-Free Class A G Protein-Coupled Receptor Extracellular Side., Biochemistry, 2018, 第 4 作者
（41） Structural basis for signal recognition and transduction by platelet-activating-factor receptor., Nat Struct Mol Biol., 2018, 其他（合作组作者）
（42） Species-Specific Involvement of Integrin αIIbβ3 in a Monoclonal Antibody CH12 Triggers Off-Target Thrombocytopenia in Cynomolgus Monkeys., Mol Ther., 2018, 其他（合作组作者）
（43） Discovery of 1,8-acridinedione derivatives as novel GCN5 inhibitors via high throughput screening, European Journal of Medicinal Chemistry, 2018, 其他（合作组作者）
（44） Deciphering the role of dimer interface in intrinsic dynamics and allosteric pathways underlying the functional transformation of DNMT3A, BBA - General Subjects, 2018, 第 4 作者
（45） Discovery of potent DOT1L inhibitors by AlphaLISA based HighThroughput Screening assay., Bioorganic & Medicinal Chemistry, 2018, 其他（合作组作者）
（46） Discovery and biological evaluation of thiobarbituric derivatives as potent p300/CBP inhibitors., Bioorganic & Medicinal Chemistry, 2018, 其他（合作组作者）
（47） Development and evaluation of a novel series of Nitroxoline-derived BET inhibitors with antitumor activity in renal cell carcinoma, Oncogenesis, 2018, 其他（合作组作者）
（48） Structure-Based Design of 1 ‑ Heteroaryl-1,3-propanediamineDerivatives as a Novel Series of CC-Chemokine Receptor 5 Antagonists, J. Med. Chem., 2018, 其他（合作组作者）
（49） A Statistical Thermodynamic Model for Ligands Interacting With Ion Channels: Theoretical Model and Experimental Validation of the KCNQ2 Channel., frontiers in Pharmacology, 2018, 通讯作者
（50） Identification of a cellularlyactive SIRT6allosteric activator., Nature Chemical Biology, 2018, 其他（合作组作者）
（51） Rational design of 5-((1H-imidazol-1-yl)methyl) quinolin-8-ol derivatives as novel bromodomain-containing protein 4 inhibitors., European Journal of Medicinal Chemistry, 2018, 其他（合作组作者）
（52） Machine-Learning-Assisted Approach for Discovering Novel Inhibitors Targeting Bromodomain-Containing Protein 4, J.Chem.Inf. Model., 2017, 第 10 作者
（53） Characterizing the interactions of two lipid modifcations with lipid rafts: farnesyl anchors vs. palmitoyl anchors, Eur Biophys J., 2017, 通讯作者
（54） Structure of the full-length glucagon class B G-protein-coupled receptor., Nature., 2017, 通讯作者
（55） Discovery of novel BRD4 inhibitors by high-throughput screening, crystallography, and cell-based assays, Bioorg Med Chem Lett., 2017, 第 9 作者
（56） Aldehyde Oxidase Mediated Metabolism in Drug-like Molecules: A Combined Computational and Experimental Study., J Med Chem., 2017, 第 8 作者
（57） Characterizing the interactions of two lipid modifcations with lipid rafts: farnesyl anchors vs. palmitoyl anchors., Eur Biophys J., 2017, 通讯作者
（58） Discovery of Novel Disruptor of Silencing Telomeric 1‑Like (DOT1L) Inhibitors using a Target-Specific Scoring Function for the (S)‑Adenosyl‑L‑methionine (SAM)-Dependent Methyltransferase Family, J Med Chem., 2017, 第 9 作者
（59） Label-free brainwide visualization of senile plaque using cryo-micro-optical sectioning tomography, Opt Lett., 2017, 第 7 作者
（60） PI-273, a substrate-competitive, specific small molecule inhibitor of PI4KIIα, inhibits the growth of breast cancer cells Running title: The First PI4KIIα Substrate-Competitive Specific Inhibitor., Cancer Res., 2017, 第 10 作者
（61） Computational Studies on Acetylcholinesterases, Molecules., 2017, 第 5 作者
（62） Discovery of potent 2,4-difluoro-linker poly(ADP-ribose) polymerase 1 inhibitors with enhanced water solubility and in vivo anticancer efficacy., Acta Pharmacol Sin., 2017, 第 6 作者
（63） Potent, Selective, and Cell Active Protein Arginine Methyltransferase 5 (PRMT5) Inhibitor Developed by Structure-Based Virtual Screening and Hit Optimization., J. Med. Chem., 2017, 第 8 作者
（64） Small-molecule targeting of E3 ligase adaptor SPOP in kidney cancer, Cancer Cell, 2016, 通讯作者
（65） Elucidating the druggable interface of protein−protein interactions using fragment docking and coevolutionary analysis, Proceedings of the National Academy of Sciences U.S.A, 2016, 通讯作者
（66） Identification of Novel Disruptor of Telomeric Silencing 1-like (DOT1L) Inhibitors through Structure-Based Virtual Screening and Biological Assays, J Chem Inf Model, 2016, 通讯作者
（67） Probing the structure and dynamics of caveolin-1 in a caveolae-mimicking asymmetric lipid bilayer model, European Biophysics Journal, 2016, 通讯作者
（68） Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Novel Tetrahydroprotoberberine Derivatives (THPBs) as Selective α1AAdrenoceptor Antagonists, Journal of Medicinal Chemistry, 2016, 通讯作者
（69） Cu(II)-Catalyzed C6-Selective C-H Thiolation of 2-Pyridones Using Air as the Oxidant, RSC Advances, 2016, 通讯作者
（70） Combinatorial Pharmacophore-Based 3D-QSAR Analysis and Virtual Screening of FGFR1 Inhibitors, Internationaljournal of molecular sciences, 2015, 通讯作者
（71） A Genetic Algorithm Based Support Vector Machine Model for Blood-brain Barrier Penetration Prediction, BioMedRes.Int, 2015, 通讯作者
（72） TarPred: a web application for predicting therapeutic and side effect targets of chemical compounds, Bioinformatics (Oxford, England), 2015, 通讯作者
（73） Inhibition of human copper trafficking by a small molecule significantly attenuates ancer cell proliferation, Natrue Chemistry, 2015, 通讯作者
（74） Conformational states of the full-length glucagon receptor, Nature Communications, 2015, 通讯作者
（75） In silico ADME/T modelling for rational drug design, Quarterly reviews of biophysics, 2015, 通讯作者
（76） Mechanism of the All α to All β Conformational Transition of RfaH-CTD: Molecular Dynamics Simulation and Markov State Model, Journal of chemical theory and computation, 2014, 通讯作者
（77） Mechanism of the All α to All β Conformational Transition of RfaH-CTD: Molecular Dynamics Simulation and Markov State Model, Journal of chemical theory and computation, 2014, 通讯作者
（78） Free energy landscape for the binding process of Huperzine A to acetylcholinesterase, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 通讯作者
（79） The gating charge pathway of an epilepsy-associated potassium channel accommodates chemical ligands, Cell Research, 2013, 通讯作者
（80） Computational methods for drug design and discovery: focus on China, Trends in Pharmacological Sciences, 2013, 通讯作者
（81） Asymmetric One-Pot Sequential Mannich/Hydroamination Reaction by Organoand Gold Catalysts: Synthesis of Spiro[pyrrolidin-3,2'-oxindole] Derivatives, Organic Letters, 2013, 通讯作者
（82） Conformational Transition and Energy Landscape of ErbB4 Activated by Neuregulin1β: One Microsecond Molecular Dynamics Simulations, Journal Of The American Chemical Society, 2012, 通讯作者
（83） A Theoretical Model for Calculating Voltage Sensitivity of Ion Channels and the Application on Kv1.2 Potassium Channel, Biophysical Journal, 2012, 通讯作者
（84） Computational screening active compounds targeting protein sequences: methodology and experimental validation, Journal of Chemical Information and Modeling, , 2011, 通讯作者
（85） Fragment-based prediction of skin sensitization using recursive partitioning, J Comput Aided Mol Des, 2011, 通讯作者
（86） Molecular Basis of NDM-1, a New Antibiotic Resistance Determinant, PLoS ONE, 2011, 通讯作者
（87） Knowledge-based scoring functions in drug design: 2. Can the knowledge base be enriched, J Chem Inf Model, 2011, 通讯作者
（88） Knowledge-Based Scoring Functions in Drug Design: 3. A Two-Dimensional Knowledge-Based Hydrogen-Bonding Potential for the Prediction of Protein–Ligand Interactions, J Chem Inf Model , 2011, 通讯作者
（89） Multiple Pharmacophore Models Combined with Molecular Docking: A Reliable Way for Efficiently Identifying Novel PDE4 Inhibitors with High Structural Diversity, J. Chem. Inf. Model, 2010, 50, 615-625, 2010, 第 4 作者
（90） Characterization of peptide deformylase homologues from Staphylococcus epidermidis, Microbiology. 2010, 156:3194-3202., 2010, 通讯作者
（91） Using support vector regression coupled with the genetic algorithm for predicting acute toxicity to the fathead minnow, SAR and QSAR in Environmental Research, 2010, 21: 5, 559-570, 2010, 通讯作者
（92） Knowledge-Based Scoring Functions in Drug Design. 1. Developing a Target-Specific Method for Kinase-Ligand Interactions, J Chem Inf Model 2010, 50, 1378-1386, 2010, 通讯作者
（93） Investigation of the Catalytic Mechanism of Sir2 Enzyme with QM/MM Approach: SN1 vs SN2, J. Phys. Chem. B 2010, 114, 11927–11933, 2010, 通讯作者
（94） Chemical and biochemical approaches in the study of histone methylation and demethylation, Med Res Rev, 2010, Nov 9, DOI: 10.1002/med.20228, 2010, 第 4 作者
（95） How Does Influenza Virus A Escape from Amantadine, J. Phys. Chem. B, 2010, 114, 8487–8493, 2010, 通讯作者
（96） Identification of novel 5-hydroxy-1H-indole-3-carboxylates with anti-HBV activities based on 3D QSAR studies, J Mol Model, 2010, DOI 10.1007/s00894-010-0873-7, 2010, 通讯作者
（97） Discovery of Selective Inhibitors Against EBNA1 via High Throughput In Silico Virtual Screening, PLoS ONE 2010, Volume 5 | Issue 4, e10126, 2010, 通讯作者
（98） The discovery of EBNA1 inhibitors: virtual screening and highthroughput screening, Expert Opinion on Drug Discovery, 2010, 5(12):1189-1203, 2010, 第 3 作者
（99） Ligand-free iron/copper cocatalyzed N-arylations of aryl halides with amines under microwave irradiation, Green Chemistry 2010, 12, 276-281, 2010, 通讯作者
（100） 唾液酸糖苷化方法学研究进展, 化学进展, 2010, 22, 91-100, 2010, 通讯作者
（101） 唾液酸糖苷化方法学研究进展, 化学进展, 2010, 22, 91-100, 2010, 通讯作者
（102） Most Efficient Routes for the Synthesis of α,β-Diamino Acid-Derived Compounds, Current Pharmaceutical Design, 2010, 16, 1252-1259, 2010, 第 3 作者
（103） Efficient Synthesis of Symmetrical α,α-Disubstituted β-Amino Acids and α,α-Disubstituted Aldehydes via Dialkylation of Nucleophilic β-Alanine Equivalen, Journal of Organic Chemistry, 2010, 75, 1717-1722, 2010, 通讯作者
（104）   Metal-free Synthesis of 2-Substituted (N, O, C) Benzothiazoles via an Intramolecular C–S Bond Formation, Journal of Combinatorial Chemistry, 2010, 12, 422-429, 2010, 通讯作者
（105） Discovery of novel Purine derivatives with potent and selective inhibitory activity against c-Src tyrosine kinase, Bioorganic Medicinal Chemistry, 2010, 18, 4615-4624, 2010, 通讯作者
（106） Metal-free Tandem Reaction in Water: An Efficient and Regioselective Synthesis of 3-Hydroxyisoindolin-1-ones, Green Chemistry, 2010, 12, 1397-1404, 2010, 通讯作者
（107） A Nonproton Ligand Sensor in the Acid-Sensing Ion Channel, Neuron. 2010 68(1):1-3., 2010, 通讯作者
（108） One-pot Approach for C-C Bond Formation through Ru-amino Complex Catalyzed Tandem Aldol Reaction/Hydrogenation, Synthesis, 2010, 15, 2577-2582, 2010, 第 3 作者
（109） Silver and Gold-mediated Intramolecular Cyclization to Substituted Tetracyclic Isoquinolizinium Hexafluorostilbates, Journal of Organic Chemistry , 2010, 75, 5810-5820, 2010, 通讯作者
（110） PharmMapper server: a web server for potential drug target identification using pharmacophore mapping approach ., Nucleic Acids Research, 2010, 38, W609–W614, 2010, 通讯作者
（111） Inherent Dynamics of the Acid-sensing Ion Channel 1 Correlates with the Gating Mechanism., PLoS Biology, 2009, 7, e1000151, 2009, 通讯作者
（112） (1).Site of Metabolism (SOM) Prediction for Six Biotransformations Mediated by Cytochromes P450, Bioinformatics,2009,25, 1251-8, 2009, 通讯作者
（113） Conformational sampling on acid-sensing ion channel 1(ASIC1): implication for a symmetric conformation , Cell Research,2009,19:1035-37, 2009, 通讯作者
（114） Lys169 of Human Glucokinase Is a Determinant for Glucose Phosphorylation: Implication for the Atomic Mechanism of Glucokinase Catalysis , PLoS ONE, 2009, 4 (7), e6304, 2009, 通讯作者
（115） Discovering Potent Inhibitors Against the Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) of Helicobacter pylori: Structure-Based Design, Synthesis, Bioassay, and Crystal Structure Determination , J. Med. Chem.2009, 52, 2465-81, 2009, 通讯作者
（116） Structural Basis for Catalytic and Inhibitory Mechanisms of beta-Hydroxyacyl-acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ), J Biol Chem, 2008, 283, 9, 5370–9, 2008, 通讯作者
（117） PDTD: a web-accessible protein database for drug target identification., BMC Bioinformatics 2008, 9:104, 2008, 通讯作者
（118） Mechanics of Channel Gating of the Nicotinic Acetylcholine Receptor , PLoS Computational Biol, 2008, 4, e19, 2008, 通讯作者
（119） Predicting protein-protein interactions based only on sequences information, PNAS 104(11) :4337–4341,(2007), 2007, 通讯作者
（120） Discovering Potassium Channel Blockers from Synthetic Compound Database by Using Structure-Based Virtual Screening in Conjunction with Electrophysiological Assay, J. Med. Chem. , 50, 83-93, (2007), 2007, 通讯作者
（121） Detailed Mechanism for AmtB Conducting NH+ 4/NH3: Molecular Dynamics Simulations , Biophysical Journal. 92, 877–885,(2007), 2007, 通讯作者
（122） Conformational transition pathway in the allosteric process of human glucokinase, PNAS 103 , 36, 13368–13373 (2006), 2006, 通讯作者
（123） Peptide deformylase is a potential target for anti-Helicobacter pylori drugs: Reverse docking, enzymatic assay, and X-ray crystallography validation, Protein Science, 15:2071–2081. (2006), 2006, 通讯作者

（ 1 ） 计算机辅助药物设计—原理/方法及应用, 计算机辅助药物设计—原理/方法及应用, 上海科学技术出版社, 2000-01, 第 2 作者
（ 2 ） 计算机辅助药物分子设计研究的现状与未来《2000药学科学前沿与发展方向》, 中国医药科技出版社, 2000-06, 第 1 作者
（ 3 ） 药物研究新技术《药物化学》, 高等教育出版社, 2001-06, 第 1 作者
（ 4 ） 生物信息学与药物设计《生物信息学》, 科学出版社, 2002-06, 第 2 作者
（ 5 ） 后基因组时代的药物研究《21世纪有机化学发展战略》, 化学工业出版社, 2002-06, 第 1 作者
（ 6 ） 第三章羟甲芬太尼及其衍生物镇痛作用的立体构-效关系研究《手性药物的化学与生物学》, 化学工业出版社, 2002-07, 第 3 作者
（ 7 ） 药物设计与分子模拟，中国药学年鉴, 第二军医大学出版社, 2003-07, 第 2 作者
（ 8 ） 生物物理化学与新药发现《新世纪的物理化学-学科前沿与展望》, 科学出版社, 2004-07, 第 1 作者
（ 9 ） 药物基因组学-寻求个性化治疗, Pharmacogenomics - The Search for Individualized Therapies, 科学出版社, 2005-07, 第 1 作者
（ 10 ） 实用药物化学（原著第三版）, The practice of medicinal chemistry, 科学出版社, 2011-06, 第 1 作者
（ 11 ） 《高速发展的中国化学》第十七章药物化学, 科学出版社, 2012-06, 第 1 作者
（ 12 ） 化学生物学学科前沿与展望, 科学出版社, 2013-08, 第 1 作者
（ 13 ） 中国学科发展战略：化学生物学, 科学出版社, 2015-04, 第 5 作者
（ 14 ） 《药学前沿精品讲坛》, 科学出版社, 2015-12, 第 1 作者
（ 15 ） 《中国学科发展战略：理论与计算化学》, 科学出版社, 2016-07, 第 1 作者

   

（ 1 ） 基于蛋白质三维结构和相互作用的计算生物学研究, 主持, 国家级, 2010-09--2013-08
（ 2 ） 先导化合物结构优化设计关键技术, 主持, 国家级, 2009-01--2010-12
（ 3 ） β分泌酶激活机制的化学生物研究及其抗阿尔茨海默氏病先导化合物的发现, 主持, 国家级, 2008-01--2011-12
（ 4 ） 药物作用新靶标、新机制和新分子实体发现方法与应用研究, 主持, 国家级, 2011-01--2013-12
（ 5 ） 表观遗传调控的小分子干预研究, 主持, 国家级, 2013-01--2017-12
（ 6 ） 药物设计新方法发展及应用, 主持, 国家级, 2013-01--2017-12
（ 7 ） 基于GPCR结构与功能的新药创制, 主持, 国家级, 2013-01--2015-12
（ 8 ） 利用MOST研究药物对神经环路的作用, 参与, 国家级, 2012-10--2017-09
（ 9 ） GPCR选择性调控新机制, 主持, 部委级, 2015-09--2017-08
（ 10 ） 抗癫痫候选新药TPN102的临床前个性化特征研究, 主持, 部委级, 2016-01--2018-12
（ 11 ） 基于大数据和人工智能的药物设计前沿技术战略研究, 主持, 部委级, 2018-07--2019-06
（ 12 ） 抗老年痴呆药物氟诺哌齐作用机制研究, 主持, 部委级, 2018-06--2019-05
（ 13 ） 数据驱动的药物设计方法和应用, 主持, 国家级, 2018-01--2020-12
（ 14 ） 原创候选新药发现关键技术研究及新药研发, 主持, 省级, 2018-12--2021-11

（1）理论计算驱动的药物研究   中国化学会第14届全国计算（机）化学学术会议   2017-11-18
（2）药物设计方法发展及其在药物研发中的应用    2017中国药物化学学术会议   2017-08-28
（3）Drug Discovery in the Era of Big Data.   2017-07-24
（4）中国药物研发进入原始创新时代   第三届药学前沿高峰论坛   2017-06-27
（5）Probing drug targets by using Chemicals.   2016世界生命科学大会   2016-11-03
（6）靶标发现与确证新技术   2016年全国生物化学与分子生物学大会   2016-10-21
（7）Computation: a booster of protein structure, function and modulation studies   2016-08-30
（8）药物设计的机遇与挑战   中国化学会第30届学术年会   2016-07-02
（9）Drug discovery from TCM targeting GPCR   第三届GPCR论坛   2015-12-05
（10）Data‐driven Drug Design in the Era of "Big Data"   2015-11-19
（11）The free energy landscape of ligand-receptor interactions   2014-06-23
（12）Computational Methods for Drug Design and Discovery: a Focus on China   2014-04-12
（13）Predicting Binding Kinetics for Drug-Receptor Interaction Based on Energy-Landscape Construction   2013-10-08
（14）个性化医学的国际发展趋势   院人口健康科技领域发展路线图战略研究组年度会议   2013-05-31
（15）Ion channels:Biophysics,Diseases and Therapeutics   江苏冷泉港会议   2012-09-17
（16）The importance of binding kinetics in drug discovery   第六届国际分子模拟与信息技术应用学术会议   2012-05-13
（17）Target Identification and lead discovery by using computational tools.   蒋华良   2011-11-29
（18）基于GPCR结构与功能的新药创制   香山科学会议   蒋华良   2011-11-02
（19）阿扑啡类多巴胺激动剂的设计、合成及抗帕金森活性研究   第242届美国化学会药物化学年会   蒋华良   2011-08-23
（20）离子通道动力学行为与功能的关系：理论预测与实验验证   第十一届全国量子化学会议   蒋华良   2011-05-27
（21）Perspectives on Pharma Innovation in China   第二届生物及制药国际研讨会   蒋华良   2011-05-06
（22）Understanding the protein structure-function relationship for drug discovery by computational biology   亚洲e药物设计协作组织2010年会   蒋华良   2010-12-18
（23）抗阿尔茨海默病老年性痴呆药物的设计   第五届国际分子模拟与信息技术应用学术会议   蒋华良   2010-09-14
（24）Drug discovery based on computational protein science   蒋华良   2009-10-31
（25）化学生物学赋予锁-钥原理新内涵   第六届全国化学生物学学术会议   蒋华良   2009-10-22